마지막 전투는 본격적인 백병전으로 전개됐습니다. 각 진영 중앙의 지휘선이 맞붙고 후방에서 지휘선으로 병력을 공급하는 죽음의 전투가 벌어집니다. 이 때 돈 후앙진영의 알바로 데 바잔의 활약이 시작됩니다. 알리 파샤 진영은 지휘선 뒤에 함선을 길게 이어 붙인 형태로 병력을 지원했는데, 알바로 데 바잔이 함선을 이끌고 상대 진영의 뒤로 돌아가 줄지어 붙어있던 이슬람 함선을 공격하여 줄을 끊어버린 것이죠. 병력 지원이 끊긴 알리 파샤는 전사하고, 알바로 데 바사의 활약으로 기독교 연합군은 전쟁에서 최종 승리하게 됩니다.

승리의 첫 번째 동력은 탁월한 지도력이었습니다. 총사령관 돈 후안은 스페인인과 베네치아인으로 구성된 군대를 모두 섞어 다시 편재합니다. 함선 내부의 갈등은 남아있겠지만, 배와 배 사이의 갈등을 최소화하여 연합함대의 약점을 보완한 것이죠. 두 번째 동력은 분노입니다. 터키가 키프로스를 침략하며 저지른 만행에 기독교 진영은 분노했고 이 분노가 승리의 동력으로 이어졌습니다. 세 번째 동력은 적전 분열입니다. 이슬람 진영은 울리지 알리의 해적 세력과 알리 파샤의 오스만 세력으로 분열되었습니다. 흩어진 전투력은 패배로 이어졌습니다.

레판토 해전은 서양사에서 가장 많은 사망자를 기록한 해전으로 남았습니다. 그러나 아이러니하게도 이 치열한 전쟁 끝에 지중해의 패권은 누구에게도 돌아가지 않았죠. 전쟁이 끝난 이듬해 스페인은 네덜란드 독립전쟁 진압을 위해 지중해를 포기합니다. 베네치아는 독자적 전력으로 오스만 세력과 맞설 수 없었기 때문에 오스만과 타협할 수 밖에 없었는데요. 오스만도 레판토 패전 이후 숙련된 해군 병력을 모두 잃어서 한 세대 동안 해군 전투력을 복구하지 못 했고, 따라서 지중해 패권을 장악할 수 없었죠. 역사의 중심은 이제 지중해에서 대서양으로 넘어가게 됩니다. 지중해에서 벌어졌던 동양과 서양의 각축전이 끝나고 명실상부한 서양의 시대가 도래하게 된 것이죠.